Depois da derrota devastadora nas Regionais - ficando em último lugar - o Glee Club e Will, voltam para a escola, mas infelizmente, ao contrário do que pensavam, ninguém ainda gosta deles, o que será difícil de aguentar no dia-a-dia da escola, porém com uma nova chance, depois do final inesperado na temporada passada. Com isso está aberta a guerra de popularidade típica do século XXI ao estilo mais fracassado possível. Sue terá mais um ano para infernizar e humilhar os gleeks e Willian, principalmente. Fazendo-os sentirem-se pior consigo mesmos, pois ela ainda acha que a arte é inútil e que sonhar não prepara os alunos para a dureza da vida real. Mas depois percebe que se não pode "destrui- los", vai se “juntar” a eles. E os mesmos mostraram o quanto se importam com Sue e com sua irmã Jean, principalmente, em momentos difíceis e ela aprenderá uma lição valiosa. Finn e Quinn, pensavam que poderiam consertar tudo que aconteceu entre eles, um de maneira explicita, e outro enganando a si mesmo. E Rachel sofre por ver os dois esbanjando o “amor” deles em sua cara, mas ao mesmo tempo mostra todo seu lado egoísta ao ter certas atitudes que definem, infelizmente, quem é. Rachel quer toda as atenções sempre voltadas para ela, pois ainda vê no glee a sua escada ao sucesso e não os seus únicos amigos de escola. Rachel é a mais dedicada dos membros do coro, e o seu talento e a sua perspicácia, os levaram longe. Quinn dar-lhe-á um choque de realidade o que levará Rachel a compor com toda a emoção, uma música original para as regionais, na qual o tema é hinos, isso depois de Sue conseguir um 'falso-mandado' jurídico contra qualquer futuro cover feito pelo Glee. Sue também mudará o destino do voo do Glee para Nova Iorque, passagens que não foram fáceis de comprar pois a escola ainda não tem recursos para pagar, “rackeando” a conta de e-mail do Diretor Figgins, mudando o voo para a Líbia, no meio dos conflitos do país, mas alguém irá alertá-los sobre o ocorrido. Kurt irá sofrer de bullying e sairá da escola William McKinley e irá para a Academia Dalton, uma escola particular anti-bullying, que será paga com todo o dinheiro da lua de mel de seu pai com a mãe de Finn, sim, os dois viram irmãos. E lá, Kurt irá conhecer Blaine. A vida amorosa de Mr. Schue anda bem ruim, pois Emma está realmente comprometida com um dentista, que está lhe ajudando indiretamente com o TOC e Terri ex-mulher de Will, o persegue. Enquanto isso os outros personagens lidam com questões como: bullying, namoros, doenças físicas e psicológicas, sexualidade, etc. e se preparam para vencer as nacionais – que ocorrerá em Nova Iorque esse ano e ficando em 12° lugar.